永樂二年，北平郡學復稱國子監(jiān)。永樂十八年，明遷都北京，改北京國子監(jiān)為京師國子監(jiān)，于是明代國學有南北兩監(jiān)之分（亦稱南北兩雍）。

永樂二十年，南京國子監(jiān)達9900多人，盛況空前。當時鄰邦高麗、日本、琉球、暹羅等國“向慕文教”，不斷派留學生到南京國子監(jiān)學習。

可以說，南京國子監(jiān)可以說是讀書人的圣地。

不過隨著武宗改革，傳統(tǒng)儒學受到了一些影響，很多非科舉出身的人都進入了大明的官場，有些人也隨著大明對外戰(zhàn)事而棄文從武，因此此時的南京國子監(jiān)不過只有兩千余人，這也是為什么帝師孫茂敢在南京開書院的原因，畢竟國子監(jiān)人少可是十分罕見的。