祝由術是非常古老的一種異術，從黃帝時期就傳了下來，但在元朝的時候，卻被蒙古族的薩滿教視作勁敵，從而受到打壓驅逐，幾近殆盡。

當時的薩滿教也不叫薩滿教，只不過是一些烏合之眾，由于當時蒙古鐵騎幾乎征服了半個世界，所以就算祝由術厲害，終歸還是沒能敵得過薩滿教。

薩滿教也是從那個時候開始，吸收了祝由的精髓，所以后來才會衍化成滿清政府時期的薩滿教。而祝由術逐漸淡出歷史舞臺，也是從那個差點兒亡國滅種的時代開始的。