機(jī)構(gòu)變革之初，朝廷上下出現(xiàn)了不小的混亂。職權(quán)不明，對(duì)機(jī)構(gòu)變動(dòng)的抵觸情緒也不小，在最初的三個(gè)月里，朝廷上下頗有些怨言，也出現(xiàn)了不小的抱怨和冷嘲熱諷得聲音。

但張延齡和王守仁等人都是干實(shí)事的人，大都督府和丞相府的聯(lián)席會(huì)議幾乎每天都召開(kāi)。各衙門(mén)官員輪流坐堂，解決各種出現(xiàn)的問(wèn)題，疏通各種不通之處，明晰權(quán)限，制定流程。