崇禎元年七月二十五日，遼鎮(zhèn)爆發(fā)以欠餉名義的兵亂，亂兵“露刄排幕府縛自肅及總兵官朱梅、推官蘇涵淳、州同知張世榮，置譙樓上捶擊交下”，時(shí)任遼東巡撫的畢自肅不堪受辱，遂于當(dāng)年八月“丙申自經(jīng)死”。

對(duì)此，畢自肅的哥哥，時(shí)任戶部尚書畢自嚴(yán)向崇禎帝哭訴道：“叩閽請(qǐng)餉之疏自五月來(lái)，不啻舌敝唇焦淚盡成血，雖屢廑明旨催發(fā)，而他人視之蔑如也，當(dāng)六月間外解不繼，固難投醪而挾纊。逮七月初，外解漸充，又將那東以補(bǔ)西，豈非臣弟之厄數(shù)當(dāng)畢，命于此日乎？各邊舊餉亦有遲至十余月者，然其兵則土著也，其所靠不專在戶部，年例仍有民糧屯糧在也，即所欠亦系歷年壓支相延日久，非真數(shù)月無(wú)餉也······說者曰：借口索餉，或有別情······”