余龍向朱由崧報告道：“根據(jù)設(shè)想，大都督府未來改制后，將下轄武學司、參軍司、戰(zhàn)史條例司、檢閱司、輿圖測繪司、軍械制購司并設(shè)府務廳、經(jīng)歷廳、檔案廳、照磨廳、斷事廳（軍事法庭）等附屬機構(gòu)，以安置各級將官佐尉。”

事實上，朱由崧一開始并不想在大都督府框架下設(shè)置這些機構(gòu)，而想要設(shè)置在兵部之下，以為名正言順，但兵部機構(gòu)改革牽扯到文官集團的利益，阻力很大，所以朱由崧思來想去后，還是決定以大都督府的名義，容納這些新的機構(gòu)。