王燦成之所以反對(duì)六科改制，主要是基于朱由崧對(duì)六科的定義，即六科應(yīng)該是唐代門下省的再現(xiàn)，可問(wèn)題是，唐代門下省是擁有拾遺補(bǔ)闕和諫議職責(zé)的，所以王燦成和吏科上下才明確反對(duì)六科被閹割了諫議權(quán)的改制。

但王燦成和吏科的反對(duì)無(wú)效，朱由崧堅(jiān)持認(rèn)為在唐代臺(tái)諫系統(tǒng)是門下省的一部分，如今既然門下省整體不存在了，那么六科和都察院的職責(zé)就應(yīng)該有分野，具體來(lái)說(shuō)，也就是誰(shuí)的事誰(shuí)干，不能一個(gè)部門鼻子眉毛一把抓，當(dāng)然也不能一件事幾個(gè)部門來(lái)抓，結(jié)果政出多門。