艦隊的毀滅讓馬尼拉城內的西班牙人陷入極大的恐懼和混亂中，以至于紛紛攜帶著貴重財物往號稱王城的圣地亞哥城堡逃去，只留下無數本地土著在馬尼拉城內實施瘋狂打劫。

見到馬尼拉港區(qū)及城區(qū)起火，明軍運輸船立刻在己方戰(zhàn)艦的掩護下駛入馬尼拉港，并迅速安排船上官兵上岸鎮(zhèn)壓騷亂。

隨著東洋水師陸戰(zhàn)旅開入馬尼拉城內對洗劫城市的菲律賓土著展開鎮(zhèn)壓行動，市面很快得到了穩(wěn)定，隨即，更多的明軍陸師開上了陸地，這些明軍包括京營建武師、乂安道步兵團、福建道步兵團、浙南道步兵團、江西道步兵團、小琉球皇莊保民團3個哨、濟州皇莊保民團2個哨等部12000余兵馬，這些兵馬隨后迅速將圣地亞哥城堡圍了個水泄不通。