清理內(nèi)廷的事自然不是一蹴而就的，所以朱由崧除了正旦大朝儀上帶著朱慈焈露了一面外，整整三個月里都待在了紫金山軍營中，朝政也是由大學(xué)士及各部尚書侍郎到軍營匯報的，搞得事態(tài)看上去極其緊張的樣子。

結(jié)果一直到弘光十七年二月末，朱由崧才在錦衣衛(wèi)、旗手衛(wèi)大致清理完了內(nèi)廷后，帶著兒孫重回了紫禁城居住。

而就在朱由崧避居紫金山軍營期間，內(nèi)廷各監(jiān)司局及外鎮(zhèn)內(nèi)臣中有十一名四品太監(jiān)、三十一名五品少監(jiān)、十九名六品監(jiān)丞、四十九名七品典簿、一百五十三名八品長隨、七十七名九品奉御被剝奪了職司及一應(yīng)家財，然后連同族人一起被流放海外。