元代十三科為：大方脈、雜醫(yī)、小方脈、風(fēng)、產(chǎn)、眼、口齒、咽喉、正骨、金瘡腫、針灸、祝由、禁。

明代十三科為：大方脈、小方脈、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、咽喉、傷寒、接骨、金鏃、按摩、祝由。

1571年，明代的十三科改為十一科，增設(shè)了痘疹科，改瘡瘍?yōu)橥饪?，接骨為正骨，去金鏃、祝由與按摩等科。

在具體的醫(yī)療實踐中，每一種科目各有側(cè)重：