卡扎菲在戰(zhàn)后，拒絕承認(rèn)哈夫塔爾和其他利比亞士兵被乍得方面監(jiān)禁，卡扎菲與哈夫塔爾關(guān)系由此惡化。

2011年初，利比亞內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)，哈夫塔爾從國外返回利比亞參與內(nèi)戰(zhàn)，并成為利比亞國家過渡委員會(huì)高級(jí)將領(lǐng)。

卡扎菲政權(quán)倒臺(tái)后，哈夫塔爾被推舉出任新政權(quán)武裝的總參謀長。

隨后，國民代表大會(huì)批準(zhǔn)哈夫塔爾與多支世俗民兵武裝一同正式加入利比亞“國民軍”，哈夫塔爾任“國民軍”司令，與國民代表大會(huì)結(jié)盟，同利比亞民族團(tuán)結(jié)政府長期割據(jù)對(duì)峙。