隆安三年（399年），距離淝水之戰(zhàn)16年后。孫恩和盧循在浙江會(huì)稽起兵反晉，東南的八個(gè)郡紛紛響應(yīng)，震驚朝野。

謝安死后十余年間，即東晉孝武帝與會(huì)稽王司馬道子主相相持以及太原王氏兩支分助主相的這一時(shí)期中，謝氏家族人物包括謝琰，均無(wú)所作為，這是謝氏家族在政治上受到壓抑的結(jié)果。

隆安元年（397年）王恭反于京口，朝廷始假琰節(jié)都督前鋒軍事，領(lǐng)兵征討。這顯然是由于陳郡謝氏門戶可以當(dāng)太原王氏門戶，而謝琰與北府又有歷史淵源，司馬道子欲加利用的緣故。王恭事平，謝琰于隆安三年遷衛(wèi)將軍、徐州刺史，假節(jié)。案晉制，假節(jié)雖有在軍事時(shí)期可殺犯軍令者之權(quán)，但謝琰為刺史假節(jié)而不得為都督，畢竟只是單車刺史，與都督徐兗諸州軍事的劉牢之相比，勢(shì)力大不相同。朝廷此授，不過(guò)是在王恭事平之后欲以謝琰平衡劉牢之而已。