天啟二年，荷蘭人在占據(jù)澎湖島后，想要以澎湖島為荷蘭東印度公司的轉(zhuǎn)運(yùn)樞紐，從而擴(kuò)大在東亞的貿(mào)易活動(dòng)范圍。

由于“澎湖為漳泉之門戶，而臺(tái)灣即澎湖之唇齒，失臺(tái)灣則唇亡而齒寒，不特澎湖可慮，漳泉亦可憂也”。

所以對(duì)于荷蘭人占領(lǐng)澎湖，明朝當(dāng)局自然不會(huì)聽(tīng)之任之。

明廷下令福建巡撫南居益將荷蘭人趕出澎湖。

南居益招安當(dāng)時(shí)海上巨寇鄭芝龍來(lái)對(duì)付紅毛番，鄭芝龍此時(shí)因荷蘭人以澎湖為基地時(shí)，搶奪了懸有鄭芝龍令旗的二艘商船，接受明朝福建巡撫的招安，轉(zhuǎn)而攻擊荷蘭人。